Chủ tịch Hồ Chí Minh là Người đầu tiên đưa tư tưởng hợp tác xã vào Việt Nam. Ngay sau khi Việt Nam giành được độc lập, Người đã quan tâm chỉ đạo Phát triển các cơ sở kinh tế hợp tác, hợp tác xã. Năm 1948, Hợp tác xã Thủy tinh Dân Chủ, hợp tác xã đầu tiên được thành lập ở chiến khu Việt Bắc. Trải qua hơn 70 năm, dưới sự lãnh đạo của Đảng, Nhà nước, phong trào kinh tế hợp tác, hợp tác xã đã vượt qua nhiều khó khăn, trở ngại, có những đóng góp quan trọng trong mỗi giai đoạn cách mạng của đất nước.
Cùng với quá trình hình thành và phát triển phong trào hợp tác xã ở Việt Nam, các tổ chức đại diện và hỗ trợ cho khu vực hợp tác xã lần lượt được thành lập, đáp ứng yêu cầu tư vấn, hỗ trợ cho các hợp tác xã phát triển theo chủ trương của Đảng, Nhà nước.
Năm 1955, Ban quản lý Hợp tác xã mua bán Việt Nam, được thành lập với nhiệm vụ đại diện và hỗ trợ cho các hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua bán trong phạm vi toàn quốc
Năm 1978, Liên hiệp Hợp tác xã tiểu, thủ, công nghiệp Trung ương (gọi tắt là Liên hiệp xã Trung ương) được thành lập theo Nghị định số 279-CP, ngày 02 tháng 11 năm 1978 của Hội đồng Chính phủ. Liên hiệp xã Trung ương có nhiệm vụ đại diện và hỗ trợ cho các hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã hoạt động trong lĩnh vực tiểu - thủ công nghiệp cả nước.
Năm 1990, thực hiện Nghị quyết số 16-NQTW ngày 15 tháng 7 năm 1988 của Bộ Chính trị về đổi mới chính sách và cơ chế quản lý đối với hợp tác xã và các đơn vị kinh tế ngoài quốc doanh, Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng có Quyết định số 81-CT, ngày 19 tháng 3 năm 1990 giải thể Liên hiệp xã Trung ương và Quyết định số 82-CT ngày 19 tháng 3 năm 1990, thành lập Ban trù bị đại hội thành lập Hội đồng Trung ương các hợp tác xã và các đơn vị sản xuất ngoài quốc doanh.
Năm 1991, Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng các quyết định số 409-CT, ngày 18 tháng 12 năm 1991 thành lập Hội đồng Trung ương lâm thời các doanh nghiệp ngoài quốc doanh, thành viên bao gồm tất cả các hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã và các doanh nghiệp vừa vả nhỏ ngoài quốc doanh đang hoạt động trên tất cả các ngành, lĩnh vực của nền kinh tế Việt Nam.
Năm 1993, Đại hội đại biểu toàn quốc các hợp tác xã Việt Nam lần thứ nhất được tổ chức trong 2 ngày, 29 và 30 tháng 10 năm 1993 và thành lập Hội đồng Liên minh các Hợp tác xã Việt Nam, có chức năng, nhiệm vụ đại diện và hỗ trợ cho tất cả các hợp tác xã hoạt động ở các ngành, lĩnh vực của nền kinh tế quốc dân. Đại hội đã bầu 51 đồng chí vào Ban Chấp hành Hội đồng Liên minh các Hợp tác xã Việt Nam khóa I. Điều lệ Hội đồng Liên minh các Hợp tác xã Việt Nam được Thủ tướng Chính phủ chuẩn y tại Quyết định số 582/TTg ngày 1 tháng 12 năm 1993. Tại thời điểm Đại hội có 31 Hội đồng Liên minh Hợp tác xã cấp tỉnh, thành phố; đến cuối năm 1999, 61 tỉnh, thành phố có Hội đồng Liên minh Hợp tác xã. Trong nhiệm kỳ, Hội đồng Liên minh Hợp tác xã đã làm tốt chức năng, nhiệm vụ của mình, nổi bật là tham mưu trực tiếp tham gia xây dựng Luật Hợp tác xã năm 1996; tuyên truyền vận động phát triển kinh tế hợp tác, hợp tác xã - tính đến 31 tháng 10 năm 1999, cả nước có 15.591 hợp tác xã và hơn 160.000 tổ, nhóm sản xuất dịch vụ và hình thức hợp tác giản đơn khác.
Năm 2000, Đại hội đại biểu toàn quốc Hội đồng Liên minh các Hợp tác xã Việt Nam lần thứ 2 được tổ chức trong 2 ngày, 19 và 20 tháng 01 năm 2000 với khẩu hiệu hành động "Hợp tác - Đổi mới - Phát triển" - tại Đại hội này đã đổi tên thành Liên minh Hợp tác xã Việt Nam. Đại hội đã bầu 135 đồng chí vào Ban Chấp hành Liên minh Hợp tác xã Việt Nam khóa II, nhiệm kỳ 2000-2004. Điều lệ Liên minh Hợp tác xã Việt Nam được Thủ tướng Chính phủ chuẩn y tại Quyết định số 127/2000/QĐ-TTg ngày 17 tháng 11 năm 2000. Trong nhiệm kỳ, Liên minh Hợp tác xã Việt Nam tiếp tục được củng cố và có bước phát triển mới, đến cuối năm 2004, tất cả 64 tỉnh, thành phố đều có Liên minh Hợp tác xã tỉnh, thành phố; Liên minh thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của mình, trong đó nổi bật là tham mưu và trực tiếp tham gia xây dựng Nghị quyết Trung ương 5, khóa IX về tiếp tục đổi mới, phát triển và nâng cao hiệu quả kinh tế tập thể năm 2002; Luật Hợp tác xã năm 2003; tuyên truyền vận động phát triển kinh tế hợp tác, hợp tác xã, tính đến 30 tháng 6 năm 2004, cả nước có 16.899 hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã và hơn 300.000 tổ hợp tác.
Năm 2005, Đại hội đại biểu toàn quốc Liên minh Hợp tác xã Việt Nam lần thứ 3 được tổ chức trong 2 ngày, 27 và 28 tháng 01 năm 2005, với khẩu hiệu hành động: "Hợp tác, đổi mới, hội nhập, phát triển". Đại hội đã bầu 117 đồng chí vào Ban Chấp hành Liên minh Hợp tác xã Việt Nam được Thủ tướng Chính phủ công nhận tại Quyết định số 75/2005/QĐ-TTg ngày 11 tháng 4 năm 2005. Trong nhiệm kỳ, Liên minh Hợp tác xã Việt Nam tiếp tục tham mưu cho Đảng, Nhà nước về phát triển kinh tế tập thể, hợp tác xã theo tinh thần Nghị quyết Trung ương 5 khóa IX; thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của mình, tuyên truyền vận động phát triển kinh tế hợp tác, hợp tác xã, tính đến 30 tháng 6 năm 2010, cả nước có 18.244 hợp tác xã, 53 liên hiệp hợp tác xã và trên 360.000 tổ hợp tác.
Năm 2010, Đại hội đại biểu toàn quốc Liên minh Hợp tác xã Việt Nam lần thứ 4 được tổ chức trong 2 ngày, 12 đến 13 tháng 8 năm 2010, với khẩu hiệu hành động "Đoàn kết, hợp tác, phát triển vì cộng đồng và an sinh xã hội". Đại hội đã bầu 135 đồng chí vào Ban Chấp hành Liên minh Hợp tác xã Việt Nam khóa IV, nhiệm kỳ 2010-2015. Trong nhiệm kỳ, Liên minh Hợp tác xã Việt Nam đã tham mưu cho Đảng tổng kết 10 thực hiện Nghị quyết Trung ương 5 khóa IX và Bộ Chính trị ra Kết luận số 56-KL/TW ngày 21/2/2013 về đẩy mạnh thực hiện Nghị quyết Trung ương 5, Khóa IX; tham mưu và trực tiếp tham gia xây dựng Luật Hợp tác xã năm 2012; thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của mình, tuyên truyền vận động phát triển kinh tế hợp tác, hợp tác xã, tính đến 30 tháng 7 năm 2015, cả nước có 18.592 hợp tác xã, 42 liên hiệp hợp tác xã và trên 143.000 tổ hợp tác đang hoạt động.
Năm 2016, Đại hội đại biểu toàn quốc Liên minh Hợp tác xã Việt Nam lần thứ 5 được tổ chức trong 2 ngày, 17 đến 19 tháng 7 năm 2016, với khẩu hiệu hành động "Đoàn kết - Đổi mới - Hội Nhập - Phát triển bền vững". Đại hội đã bầu ra 141 đồng chí vào Ban Chấp hành Liên minh Hợp tác xã Việt Nam khóa V, nhiệm kỳ 2016-2020. Điều lệ Liên minh Hợp tác xã Việt Nam được Thủ tướng Chính phủ công nhận tại Quyết định số 105/QĐ-TTg ngày 24 tháng 1 năm 2017. Trong nhiệm vụ và giải pháp phát triển kinh tế hợp tác, hợp tác xã, cũng như tiếp tục củng cố, đổi mới nâng cao hiệu quả hoạt động của hệ thống Liên minh Hợp tác xã (Chỉ tiêu cụ thể trong báo cáo chính trị và Nghị quyết Đại hội V). Thời gian qua, Liên minh Hợp tác xã Việt Nam tiếp tục đẩy mạnh tham mưu đề xuất với Đảng, Nhà nước về hoàn thiện cơ chế chính sách phát triển kinh tế hợp tác, hợp tác xã, trong đó là nổi bật tham mưu sơ kết Luật Hợp tác xã năm 2012, tổ chức buổi làm việc với Thủ tướng Chính phủ và Thủ tướng Chính phủ đã ra thông báo số 276/TB-VPCP ngày 03/8/2018 về phát triển kinh tế hợp tác, hợp tác xã và hoạt động của hệ thống Liên minh Hợp tác xã Việt Nam, chuẩn bị cho tổng kết 15 năm Nghị quyết Trung ương 5, khóa IX...; triển khai có hiệu quả theo chức năng, nhiệm vụ, đẩy mạnh công tác tuyên truyền vận động phát triển kinh tế hợp tác, hợp tác xã, đến 30 tháng 6 năm 2018, cả nước đã có 95.000 tổ hợp tác, 21.026 hợp tác xã và 51 Liên hiệp hợp tác xã.
Trải qua 25 năm xây dựng và phát triển, Liên minh Hợp tác xã Việt Nam từng bước được đổi mới, bám sát chức năng nhiệm vụ để tổ chức các hoạt động, không ngừng nâng cao hiệu quả, từng bước đáp ứng yêu cầu cảu các hợp tác xã thành viên; tích cực tham mưu với Đảng, Nhà nước trong việc hoàn thiện môi trường pháp luật cho các hợp tác xã hoạt động, xây dựng các chương trình, đề án hỗ trợ phát triển hợp tác xã; phối hợp tuyên truyền, phổ biến chủ trương của Đảng, chính sách của Nhà nước về kinh tế hợp tác, hợp tác xã; xây dựng mô hình mới, hợp tác xã điển hình, tiên tiến, hợp tác xã phát triển sản xuất gắn với chuỗi giá trị để giới thiệu, nhân rộng; tổ chức các hoạt động đào tạo, bồi dưỡng nguồn nhân lực cho Liên minh Hợp tác xã các cấp và khu vực hợp tác xã đáp ứng với yêu cầu mới; tư vấn, hướng dẫn bảo vệ quyền và lợi ích chính đáng của các hợp tác xã, các thành viên; giới thiệu giúp các hợp tác xã ứng dụng tiến bộ khoa học trong sản xuất - kinh doanh, mở rộng thị trường tiêu thụ sản phẩm cho các cơ sở kinh tế hợp tác, hợp tác xã; tổ chức các phong trào thi đua yêu nước trong khu vực kinh tế hợp tác, hợp tác xã; khen thưởng những tập thể và các cá nhân có nhiều thành tích; mở rộng hợp tác quốc tế để tranh thủ sự hỗ trợ của các tổ chức, các nước có phong trào hợp tác xã phát triển... Hiện nay, Liên minh Hợp tác xã Việt Nam là thình viên của Liên minh HTX quốc tế (ICA), Hiệp hội doanh nghiệp vừa và nhỏ thế giới (WASME), các tổ chức quốc tế khác và có quan hệ hợp tác với 200 tổ chức hợp tác xã các quốc gia.
Với những kết quả đã đạt được, Liên minh Hợp tác xã Việt Nam đã được Đảng, Nhà nước tặng thưởng; Huân chương Hồ Chí Minh cho cán bộ, xã viên hợp tác xã và Liên minh Hợp tác xã Việt Nam vì đã có công lao to lớn, có nhiều thành tích xuất sắc đóng góp vào sự nghiệp cách mạng của Đảng và của Dân tộc; Huân chương Độc lập hạng Ba; Huân chương Lao động hạng Nhất và nhiều phần thưởng cao quý khác.